Под организацией функционально-стоимостного анализа понимается комплекс взаимосвязанных мероприятий, направленных на создание условий для работ по функционально-стоимостному анализу и непосредственному его проведению по конкретным объектам. Это, прежде всего, формирование и функционирование служб ФСА. Формы организации функционально-стоимостного анализа могут различаться. Это зависит от уровня проведения ФСА - предприятие или отрасль, от численности коллектива, количества выпускаемых видов продукции и др. Учитывая мировой опыт организации функционально-стоимостного анализа, целесообразно организовать его на уровне отрасли и предприятия.
На уровне отрасли создаются руководящие органы ФСА, осуществляющие его планирование, координирование, методологическое и методическое обеспечение, контроль за выполнением работ. В качестве такого органа может быть, к примеру, Координационный совет по ФСА на уровне министерства. Этот совет осуществляет общее руководство и координацию работ по внедрению функционально-стоимостного анализа в отрасли. В составе совета может быть организован методический центр, который составляет планы проведения ФСА в отрасли, обобщает результаты функционально-стоимостного анализа, обеспечивает предприятия методическими материалами, организует семинары и конференции, курсы по подготовке кадров ФСА и др.
Непосредственно на предприятиях, а если это целесообразно, то на уровне отрасли создаются постоянные и временные рабочие группы, в которые включаются соответствующие специалисты. На предприятиях могут создаваться самостоятельные структурные подразделения ФСА, непосредственно его осуществляющие. Иногда встречаются и другие формы управления, организации и проведения функционально-стоимостного анализа с учетом специфики отраслей и производств.